Cá sấu nước mặn là một trong ba loài cá sấu tìm thấy ở Ấn Độ, hai loài còn lại là loài cá sấu đầm lầy nhỏ và phổ biến ở địa phương hơn và loài Cá sấu Ấn Độ mõm hẹp ăn cá.[4]

Cá sấu nước mặn sống ở ven biển phía bắc Úc, trên các đảo thuộc New Guinea, Indonesia và Timor-Leste. Chúng phân bố rộng đến phía tây như Sri Lanka và đông Ấn Độ, dọc theo cửa sông khu vục Đông Nam Á và kéo dài đến miền trung Việt Nam, xung quanh Borneo và vào sâu trong Philippines, đảo Palau, Vanuatu và Solomon.